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所有権の登記は、土地と建物それぞれ別に行なわれる。たとえば新築住宅の購入では、建物は新しくできたので「所有権保存登記」となり、税率は0.4％。土地は誰かから譲り受けたので「所有権移転登記」になり、税率は１％（2010年度まで土地の売買に適用される特例税率。本則は２％）。中古住宅の場合は、建物も土地も移転登記。建物の移転登記の税率は２％。新築より中古建物の税率のほうが５倍も高い。ただ、床面積が50m2以上あるなどの条件に合ったマイホームを10年度末までに買うと、建物の登記に限って軽減税率が適用される特例がある。保存登記は［0.4％→0.15％］、移転登記は［２％→0.3％］になる。軽減を受けた場合と受けない場合では、税額は３〜５倍も違う。この特例を受けるには、所在地の市区町村から家屋証明書を貰い登記申請書に添付する必要がある。なお、抵当権設定登記にも［0.4％→0.1％］になる特例がある。
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